Τον τρόπο λειτουργίας των Περιφερειακών Ταμείων Ανάπτυξης ενόψει εγκατάστασης των νέων περιφερειακών αρχών επισημαίνει με σχετική εγκύκλιο το υπουργείο Εσωτερικών. Στο έγγραφο του επισημαίνει ότι κατά τη μεταβατική περίοδο το Περιφερειακό Ταμείο Ανάπτυξης διοικείται τόσο από το Διοικητικό του Συμβούλιο, όσο και από τον Πρόεδρο του που ex officio είναι ο Περιφερειάρχης.
Ως μονομελές όργανο της διοίκησης του Περιφερειακού Ταμείου Ανάπτυξης, ο περιφερειάρχης μπορεί αμέσως μετά την εγκατάστασή του και την ανάληψη των καθηκόντων του και ανεξάρτητα από τη συγκρότηση σε σώμα του Δ.Σ του Ταμείου, να ασκεί τις αρμοδιότητες, που ευθέως και αποκλειστικά απονέμονται προς άσκηση στο πρόσωπό του, ως Προέδρου του νομικού προσώπου. Οι αποκεντρωμένες διοικήσεις παρακαλούνται, ενόψει της εγκατάστασης των νέων περιφερειακών αρχών και προκειμένου να διασφαλιστεί η απρόσκοπτη λειτουργία των Περιφερειακών Ταμείων Ανάπτυξης, για την έγκαιρη κοινοποίηση του παρόντος στους Περιφερειάρχες και στα Περιφερειακά Ταμεία Ανάπτυξης της αρμοδιότητας τους.