Το σχεδιασμό και την εφαρμογή συγχρηματοδοτούμενων δράσεων μέσω ΕΣΠΑ αναλαμβάνει η Ειδική Υπηρεσία του υπουργείου Εσωτερικών η οποία αναδιαμορφώθηκε με απόφαση του υπουργού Εσωτερικών. Σύμφωνα με σχετική ανακοίνωση του υπουργείου, η αναθεώρηση του αντικειμένου της Ειδικής Υπηρεσίας εντάσσεται στις μεταρρυθμιστικές δράσεις, όπως αυτές εγκρίθηκαν από το Κυβερνητικό Συμβούλιο Μεταρρύθμισης, της 1ης Μαρτίου 2013, υπό τον Πρωθυπουργό, Αντώνη Σαμαρά. Με βάση αυτό το δεδομένο, αποτέλεσε άμεση προτεραιότητα η υλοποίησή της. Το πλαίσιο λειτουργίας της προσδιορίζεται σε Κοινή Υπουργική Απόφαση η οποία προωθήθηκε από τον υπουργό Εσωτερικών και τους υπουργούς Ανάπτυξης και Διοικητικής Μεταρρύθμισης.
Η λειτουργία Ειδικής Υπηρεσίας εκτιμάται ότι θα συμβάλει καθοριστικά στην προώθηση των αναπτυξιακών δράσεων, ενώ έχει ιδιαίτερη βαρύτητα καθώς υλοποιείται σε μια κρίσιμη χρονική στιγμή η οποία συμπίπτει με το σχεδιασμό ενόψει της έναρξης της επόμενης προγραμματικής περιόδου 2014-2020, κατά την οποία η περιφερειακή ανάπτυξη καλείται να αποτελέσει πρωταγωνιστικό στοιχείο. Η λειτουργία της ΕΥΣΥΔΕ ΥΠΕΣ σε συνδυασμό με τη δράση του Ενδιάμεσου Φορέα Διαχείρισης ΕΕΤΑΑ, αναμένεται να συμβάλει στον καλύτερο συντονισμό και στην ενίσχυση των ευρωπαϊκών κονδυλίων που αφορούν στην τοπική αυτοδιοίκηση κατά τη νέα προγραμματική περίοδο.