Τη διαδικασία με την οποία  το Ελεγκτικό Συνέδριο θα ελέγχει την ύπαρξη, λειτουργία και αποτελεσματικότητα του «Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου» στους φορείς  που υπάγονται στη δικαιοδοσία του καθόρισε με απόφαση της Ολομέλειας  το Ανώτατο Δημοσιονομικό Δικαστήριο.

Σημειώνεται ότι σύμφωνα με το άρθρο 169 παρ.2 του Δημόσιου Λογιστικού, το Ελεγκτικό Συνέδριο , παρακολουθεί,  ελέγχει και αξιολογεί την αποτελεσματικότητα και την επάρκεια των Υπηρεσιών Εσωτερικού Ελέγχου όλων των φορέων της Γενικής Κυβέρνησης(και των ΟΤΑ).

Επίσης σύμφωνα με τη διάταξη του άρθρου 54 Α παρ. 3 του Κώδικα Νόμων για το Ελεγκτικό Συνέδριο, όπως η διάταξη αυτή θεσπίσθηκε με το άρθρο 347 του ν. 4700/2020: «Αν ο Επίτροπος κρίνει ότι το σύστημα εσωτερικού ελέγχου του ελεγχόμενου από αυτόν ειδικού
λογαριασμού ή οργανισμού τοπικής αυτοδιοίκησης ή νομικού προσώπου δημοσίου δικαίου ή άλλου φορέα που υπάγεται στην ελεγκτική αρμοδιότητα του Ελεγκτικού Συνεδρίου λειτούργησε αποτελεσματικά κατά το κρίσιμο οικονομικό έτος, περιορίζοντας στο ελάχιστο τον δημοσιονομικό κίνδυνο, μπορεί, ύστερα από έγκριση του Τμήματος Ελέγχων, να μην ασκήσει έλεγχο στις υποκείμενες στους λογαριασμούς συναλλαγές και πράξεις».

Να σημειωθεί ότι ο εν λόγω έλεγχος μπορεί να αφορά όχι μόνο το τρέχον δημοσιονομικό έτος αλλά και προηγούμενα.