Προβλήματα με την υδροδότηση του νησιού αντιμετωπίζει η Μήλος καθώς το νερό που προέρχεται το εργοστάσιο αφαλάτωσης είναι μεν πόσιμο αμέσως μετά την επεξεργασία του στο εργοστάσιο αλλά μη πόσιμο όταν αυτό φτάνει στις βρύσες των καταναλωτών.
Όπως αναφέρει στο localit ο δήμαρχος Μήλου Γεράσιμος Δαμουλάκης το πρόβλημα εντοπίζεται στο δίκτυο ύδρευσης καθώς το νερό που φτάνει στις περισσότερες βρύσες των σπιτιών και των επιχειρήσεων έχει διαφορετικό χρώμα από το αναμενόμενο. Επιπλέον οι μετρήσεις που έγιναν στην ποιότητα του νερού που παράγεται από το εργοστάσιο αφαλάτωσης έδειξαν ότι δεν υπάρχει πρόβλημα.
«Όπως δείχνουν τα πράγματα η Μήλος μπορεί να έχει επάρκεια νερού για τις ανάγκες του νησιού αλλά δυστυχώς δεν έχει επάρκεια σε πόσιμο νερό» αναφέρει ο κ. Δαμουλάκης και συνεχίζει «Εμείς αυτή την στιγμή δεν μπορούμε να κάνουμε μια επένδυση αντικατάστασης του δικτύου ύδρευσης του νησιού γιατί το κόστος είναι απαγορευτικό. Επιπλέον ο δήμος κάθε χρόνο χρεώνεται περί τις 300.000 ευρώ επειδή το νερό το αγοράζουμε από το ιδιωτικό εργοστάσιο αφαλάτωσης προς 2,10 ευρώ το κυβικό, ενώ ο δήμος το πουλά προς 1,50 ευρώ το κυβικό. Τη διαφορά των 60 λεπτών ο δήμος την καλύπτει με δικά του χρήματα επειδή δεν μπορούμε να κοστολογήσουμε τόσο ακριβά νερό που δεν πίνεται».
Πάντως στα άμεσα σχέδια του δήμου είναι να κατασκευάσει δικό του εργοστάσιο αφαλάτωσης ώστε μέσα από τις πωλήσεις του νερού να μπορέσει να εξοικονομήσει χρήματα για την σταδιακή αντικατάσταση του δικτύου ύδρευσης του νησιού.
Προς το παρόν όμως ο δήμος ζητά από την κυβέρνηση να ρυθμιστεί το θέμα του ελλείμματος που έχει από την επιδότηση του νερού προκειμένου να μπορεί να εξοικονομήσει πόρους για έργα ανάπτυξης στο νησί. Να σημειωθεί ότι όταν το νερό στη Μήλο μεταφέρονταν με υδροφόρα πλοία το κάθε κυβικό μέτρο κόστιζε 12 ευρώ αλλά δεν τα πλήρωνε ο δήμος.
Σήμερα η μονάδα αφαλάτωσης στη Μήλο λειτουργεί αντλώντας την ενέργεια που χρειάζεται από αιολική μηχανή συνδεδεμένη με το δίκτυο. Είναι ένα πρωτοποριακό έργο, το πρώτο στην Ελλάδα, το οποίο έχει σχεδιαστεί, ώστε να καλύπτει πλήρως, τόσο τις βραχυπρόθεσμες ανάγκες του νησιού σε νερό, καλύπτοντας, µάλιστα, και τις καλοκαιρινές περιόδους. Το εργοστάσιο ξεκίνησε να λειτουργεί από το 2008 και παράγει 2.600 κυβ. µετρ. πόσιµου νερού ημερησίως. Η μονάδα αυτή αντισταθμίζει την απαιτούμενη για τη λειτουργία της ηλεκτρική ενέργεια από ίση παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας, η οποία προέρχεται από µια ανεμογεννήτρια ισχύος 600 kW, εξασφαλίζοντας µε αυτόν τον τρόπο μηδενική επιβάρυνση στο περιβάλλον και ταυτόχρονα υψηλής ποιότητας πόσιμο νερό. Το όλο έργο διαχειρίζεται ιδιωτική εταιρία και χρηματοδοτήθηκε από το Γ΄ ΚΠΣ με 3,5 εκατ. ευρώ.