Την έντονη αντίδραση της αυτοδιοίκησης έχει προκαλέσει η έλλειψη πρόβλεψης συμμετοχής των οργάνων της στη διαδικασία λήψης αποφάσεων που σχετίζονται με την οριοθέτηση, εγκατάσταση και γενικότερα τη λειτουργία των υδατοκαλλιεργειών.

Οι σχετικές παρατηρήσεις της αρμόδιας επιστημονικής επιτροπής της ΚΕΔΕ συζητήθηκαν στο προηγούμενο Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο έδωσε και την έγκρισή του για να  υποβληθεί σχετικό υπόμνημα παρατηρήσεων –προτάσεων στο υπουργείο Ανάπτυξης και Τροφίμων.

Το αρμόδιο υπουργείο με τη κατάρτιση του επίμαχου σχεδίου επιχειρεί να βάλει σαφές πλαίσιο για την ανάπτυξη των υδατοκαλλιεργειών στη χώρα και να προσδιοριστούν με σαφήνεια οι διαδικασίες αδειοδότησης μίσθωσης χώρων εγκατάστασης και λειτουργίας των μονάδων.

Μεταξύ άλλων η ΚΕΔΕ ζητεί να υπάρχει πρόβλεψη προκειμένου να εξασφαλιστεί η συμμετοχή της αυτοδιοίκησης στο υπό σύσταση Εθνικό Συμβούλιο Υδατοκαλλιεργειών (ΕΣΥΔ). Σχετικά με την παραχώρηση υδάτινων εγκαταστάσεων οι δήμοι θεωρούν ότι είναι απαράδεκτό να αγνοείται παντελώς η αυτοδιοίκηση και προτείνουν να υπάρχει τροποποίηση προκειμένου να προβλεφθεί ότι της σχετικής έγκρισης θα πρέπει να έχει προηγηθεί η σύμφωνη γνώμη τοι οικείου Δημοτικού Συμβουλίου.

Η αυτοδιοίκηση τονίζει επίσης την ανάγκη πρόβλεψης ένα μέρος των εσόδων από την έκδοση άδειας λειτουργίας να πηγαίνει σε ειδικό κωδικό των δήμων με στόχο την περιβαλλοντική αποκατάσταση σε περιπτώσεις πτώχευσης ή κλεισίματος των καλλιεργειών.