Ένα σημαντικό ντοκουμέντο της νεώτερης ιστορίας της Κρητικής Εκκλησίας βρίσκεται πλέον στα αρχεία της Εταιρίας Κρητικών Ιστορικών Μελετών(ΕΚΙΜ). Πρόκειται για τον χειρόγραφο Επίσημο Κώδικα της Ιεράς Μητροπόλεως Κρήτης κατά τα μέσα του 19ου αιώνα, που αποτελεί δωρεά προς την ΕΚΙΜ.
Ο Κώδικας αποτελείται από 70 αριθμημένες σελίδες και περιλαμβάνει περισσότερα από 40 έγγραφα που καλύπτουν την περίοδο 1831-1870. Μεταξύ αυτών, πράξεις εκλογείς αρχιερέων, αλληλογραφία μεταξύ Κρητικής Εκκλησίας και Πατριαρχείου Κων/λεως, διοριστήρια έγγραφα ιερέων και πρακτικά συνεδριάσεων.
Ο Κώδικας είχε παρουσιαστεί στο Γ΄ Διεθνές Κρητολογικό Συνέδριο (Ρέθυμνο 1971) από τον αείμνηστο Μητροπολίτη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Θεόδωρο Τζεδάκη, του οποίου χειρόγραφες σημειώσεις και παραπομπές εντοπίζονται σε διάφορες σελίδες του.
Επιπλέον τις μέρες αυτές, το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης έγινε αποδέκτης μιας ακόμη αξιόλογης δωρεά τεσσάρων πρωτότυπων χαρτών εποχής που απεικονίζουν την περιοχή της νοτιοανατολικής Ευρώπης και των Βαλκάνιων κατά τους 18ο και 19ο αιώνες καθώς και ένα φύλλο της γαλλικής εφημερίδας Le Petit Journal με ημερομηνία 26 Ιουλίου 1896.