Την έντονη αντίδραση του συλλόγου εργαζομένων της Γενικής Γραμματείας Ισότητας των δύο Φύλων έχει προκαλέσει η πρόσφατη απόφαση του Κυβερνητικού Συμβουλίου Μεταρρύθμισης να καταργήσει τη Γενική Γραμματεία Ισότητας και να την αντικαταστήσει από μια νέα διεύθυνση.
Σύμφωνα με τα όσα υποστηρίζουν οι εργαζόμενοι, στο σχέδιο του νέου οργανογράμματος του υπουργείου Εσωτερικών προβλέπεται η αντικατάστασή της Γενικής Γραμματείας Ισότητας από μία «Διεύθυνση Ισότητας και Ίσων Ευκαιριών». Στη νέα αυτή Διεύθυνση προβλέπεται περικοπή περίπου του 80% των οργανικών μονάδων της.
Ο σύλλογος παραπέμπει σε πρόσφατη σύσταση του ΟΗΕ και ζητεί από τη κυβέρνηση να απορρίψει το προτεινόμενο σχέδιο οργανογράμματος και να ενισχύσει τη Γενική Γραμματεία Ισότητα των Φύλων.
Την 1η Μαρτίου 2013 υιοθετήθηκε από την Επιτροπή του ΟΗΕ για την Εξάλειψη των Διακρίσεων κατά των Γυναικών-CEDAW, το κείμενο των καταληκτικών παρατηρήσεων, στο οποίο προτείνεται το κάθε κράτος μέλος να πράξει τα εξής:
(α) Να διατηρήσει και να ενδυναμώσει την ανεξαρτησία της Γενικής Γραμματείας Ισότητας των Φύλων και να της παρέχει επαρκείς ανθρώπινους, οικονομικούς και τεχνικούς πόρους έτσι ώστε αυτή να μπορεί να συντονίζει και ναι εργάζεται αποτελεσματικά για την προώθηση της ισότητας των φύλων και την ένταξη της οπτικής της ισότητας των φύλων σε όλες τις πολιτικές, και να επανενεργοποιήσει την Εθνική Επιτροπή για την Ισότητα μεταξύ Ανδρών και Γυναικών
(β) Να παρέχει κατάρτιση σχετικά με τα δικαιώματα των γυναικών στις γυναίκες και τους άνδρες που εργάζονται στον εθνικό μηχανισμό για την πρόοδο των γυναικών, και
(γ) να ενδυναμώσει τους μηχανισμούς εκτίμησης επιπτώσεων έτσι ώστε να εξασφαλίσει ότι οι πολιτικές για την ισότητα των φύλων παρακολουθούνται και αποτιμώνται και η εφαρμογή τους αξιολογείται κατάλληλα.