Ο γενικός στόχος του ENI CBC MED 2014-2020 είναι η προώθηση της δίκαιης, ισότιμης και βιώσιμης οικονομικής, κοινωνικής και εδαφικής ανάπτυξης, η οποία μπορεί να προωθήσει τη διασυνοριακή ολοκλήρωση και να αξιοποιήσει τα εδάφη και τις αξίες των συμμετεχουσών χωρών.

Το πρόγραμμα θα επιτύχει τον γενικό του στόχο μέσω δύο πρωταρχικών στόχων, τεσσάρων θεματικών στόχων και έντεκα προτεραιοτήτων: